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原因如下：
1、因為延續了明末黨爭的特點，即內部內訌不斷，比如明末的閹黨余孽與東林黨復社等派系的互相斗爭。內部的爭權奪利，比如馬士英與左良玉等人的矛盾；
2、因為明軍軍事實力不如新興的清朝八旗兵以及以吳三桂為首的關外遼軍部隊；
3、因為沒有明確的戰略意圖，唐王魯王桂王等實力分散，號令不統一，對清軍的吞并中原的形式認識不夠；
4、因為群眾基礎不夠，明朝末年老百姓厭倦明朝，農民起義造成了很大災害；
5、因為剃發令引起一些抵抗，各個小朝廷的政令混亂，缺乏成為抵抗樞紐的實力；
6、因為內部人心不一，皇帝昏庸，官員腐敗；
7、因為清朝的強悍，多爾袞等人的精心謀劃，強大的軍事實力以及眾多漢奸的幫助，最后南明失敗。
