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在其個體發育全過程或某一時期具有脊索、背神經管和鰓裂。
脊索動物包括尾索動物、頭索動物和脊椎動物。除以上主要特征外,脊索動物還具有一些次要特征:密閉式循環系統(尾索動物除外),心臟如存在,總位于消化管的腹面;肛后尾,即位于肛門后方的尾。
存在于生活史的某一階段或終生存在:具有胚層形成的內骨胳。至于后口、兩側對稱、三胚層、真體腔和分節性等特征則是某些無脊椎動物也具有的。
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