月薪40000扣除個人所得稅算法如下:
1、應納稅所得額=工資收入金額-各項社會保險費-起征點(5000元)
2、應納稅所得額=40000-0-5000=35000
3、應納稅額=應納稅所得額x稅率-速算扣除數
4、應納稅額=35000x25%-2660=6090
【法律依據】
《個稅法》第九條規定,個人所得稅以所得人為納稅人,以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的,以中國公民身份號碼為納稅人識別號;納稅人沒有中國公民身份號碼的,由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時,納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。