不是所有的真菌都是有害的。
真菌對于人類有益的有:霉菌可用以生產工業原料(檸檬酸、甲烯琥珀酸等),進行食品加工(釀造醬油等),制造抗菌素(如青霉素、灰黃霉素)和生產農藥(如“920”、白僵菌)等。
酵母菌是重要的發酵素,能分解碳水化合物產生酒精和二氧化碳等。
啤酒酵母可用來發酵生產酒精或藥用酵母,也可通過菌體的綜合利用提取凝血質、麥角固醇、卵磷脂、輔酶甲與細胞色素丙等產品。
紅曲霉可制紅曲、釀制紅乳腐和生產糖化酶等。
抗生菌能抑制別種微生物的生長發育,甚至殺死別種微生物的一些微生物。其中有的能產生抗菌素,主要是放線菌及若干真菌和細菌等。
抗菌素廣泛地應用抗菌素以治療許多微生物感染性疾病和某些癌癥等。在畜牧獸醫學方面,不僅用來防治某些傳染病,有些抗菌素還可用以促進家禽、家畜的生長。在農林業方面,可用以防治植物的微生物性病害。在食品工業上,則可用作某些食品的保存劑。