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凝膠層析是基于試樣分子的尺寸和形狀不同來實現分離的。固定相為化學惰性的多孔物質——凝膠,它類似于分子篩,但孔徑比分子篩大。凝膠內具有一定大小的孔穴,體積大的分子不能滲透到孔穴中去而被排阻,較早地被洗脫出來;中等體積的分子部分滲透;小分子可完全滲透入內,最后被洗出。可見,樣品分子基本上按其分子大小,排阻先后流出。
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